除生理性闭经见于青春期前女孩、绝经期后妇女和孕妇外，其他的闭经皆属病理性的，其原因大致有四：

1.子宫性闭经由于子宫内膜对激素不起反应或反应低下而引起。多见于子宫内膜结核（俗称干血痨），子宫内膜损伤（如刮宫后子宫内膜不再生），子宫内膜粘连及发育不良等。这种病人即使通过人工的激素调节（人工周期），子宫内膜也不会脱落出血。

2.卵巢性闭经主要由卵巢疾病所引起，由于雌激素水平过低，不能促使子宫内膜生长，如先天性卵巢发育不良、卵巢早衰、无反应卵巢等。这些人体内雌激素水平低而促性腺激素却正常或偏高，应用人工周期治疗，反应良好。

3.垂体性闭经闭经与垂体功能不足有关，可见于颅脑损伤，席汉氏综合征，颅脑部放射治疗后等。

4.下丘脑性闭经问题出在下丘脑，可以是神经系统器质性疾病，如炎症、肿瘤、缺血等造成的;也可以是精神因素、环境改变、全身疾病、营养不良及药物影响造成的。