近来研究认为，免疫因素也是一类重要原因，在原因不明的患者中，约有30%的患者与自身抗体产生有关，即可能为自身免疫病，称为自身免疫性反复自然流产;另外,大约有70%的患者可能与对胎儿父系抗原低反应性有关，称为同种免疫性反复自然流产。

同种免疫性反复自然流产的发生机理。在怀孕的过程中,胚胎可看作是具有父方50%遗传物质的同种自然移植物，具有同种异体移植及自体移植的双重特性。胎儿及其附属物不被母体排斥并可在子宫内发育成熟，母体必须形成免疫耐受，否则将面临流产的发生。

在正常妊娠期，母体的免疫功能发生变化,形成主要由特异性免疫抑制物（封闭抗体、抑制性t细胞）与非特异性因子（雌孕激素、人绒毛膜促性腺激素、人胎盘催乳素、促合成代谢因子、妊娠相关血浆蛋白等）共同组成的免疫维持系统。各种免疫学因素通过有机协调参与维持妊娠。

当母体免疫平衡失调的时候，对胚胎的排斥作用增强，这种排斥作用越强，发生流产的可能性就越大，治疗的难度也就越大。