一、无龟头

无龟头十分罕见，1898年即有报道，有包皮，呈树枝样。作成形术可增加病人的性感，因未作详细的解剖研究，也不甚了解其胚胎发生。

二、蹼状阴茎

蹼状阴茎是指阴茎皮肤全长依附于阴囊而使阴茎勃起时不能伸直变长，排尿不能前射。患者有时合并两性畸形或会阴型尿道下裂。其治疗方法为手术切除阴茎蹼或“z”字形成形术，亦可采用横切纵缝法。

三、大阴茎

与同龄人相比，阴茎过大称为大阴茎，大阴茎多发生在青春期前早熟、先天性痴呆、侏儒症、垂体功能亢进及肾上腺功能亢进等患者。有报告1例阴茎总长18cm，阴茎根部直径3.5cm，阴茎头长3.5cm，直径5.5cm之巨大阴茎。

大阴茎患者，当其垂体或肾上腺功能恢复正常后（如切除垂体或肾上腺肿瘤）即可不增大或可恢复到正常大小。手术整形是切除自阴茎头至阴茎中段的阴茎海绵体肌的一部分，保留阴茎背侧的神经、血管。然后将阴茎海绵体肌两切面缝合。术中不切断尿道海绵体，而将其贴于阴茎海绵体上，因尿道海绵体有一定的收缩力，所以只有一部分有尿道弯曲，但不影响排尿。

四、阴茎阴囊移位

阴茎、阴囊交换位置，阴囊在前，阴茎在后，有时合并有其他畸形。本病首次报道于1911年，本畸形十分罕见。但阴茎、阴囊部分转位较常见，即阴茎被阴囊部分或全部包围。

由于阴茎阴囊移位不出现尿道上裂，推测生殖结节发生在正常位置，使阴茎的发生位置正常，即位于阴茎后方的唇囊突移位于阴茎的前方，而使阴囊出现向上移位而造成。本畸形严重者如不治疗则影响性交。手术将阴囊移至阴茎的后下方。。