自然产与剖腹产之优劣一直是争议不断，而德国新的研究可以给正在考虑生产方式的妇女参考。由德国婴幼儿营养计划在孩童时期疾病档案（archivesofdiseaseinchildhood）所发表的一项研究结果显示，剖腹产婴儿对牛奶过敏的机率是自然产婴儿的两倍;同时，小孩在一岁前发生腹泻的机率也较高。

这项研究团队是由位于慕尼黑的ludwig-maximilians大学所组成，而所研究的855位婴儿都喂食至少4个月的母乳，并在12个月大时抽血检验有无过敏反应。此外，这些婴儿都是在事前规划好的剖腹产中出生，而非因早产或紧急因素而剖腹产的婴儿。

研究团队认为，剖腹产时无菌的生产环境是主要因素，因为在无菌空间内不只没有害菌，连帮助免疫系统发展的益菌也同样无法存活。消化道内的细菌对免疫反应的发展而言很重要，自然产的婴儿出生时经过的环境是母亲阴道等处的细菌，同时也是新生儿所需;但颇腹产婴儿出生过程的则是医院的环境，而这个环境却会改变甚至延迟婴儿肠内的细菌正常繁殖。

然而专家学者同时也表示，关于初生儿在临床的微生物发现是不足、甚至相互矛盾的，因此在更多研究之前并无法下定论。